亞克隆技術是指在得到基因DNA片段的情況下，對其進行重新克隆，從而對目的基因DNA進行進一步的分析或者重組改造等。亞克隆技術也是分子克隆技術，這項技術的出現能夠讓人們對基因DNA序列有更深入的研究，明確基因的功能，從基因角度對生物體表型進行分析。
亞克隆的技術流程主要分成四個步驟：目的片段的獲取、酶切載體與目的片段的連接、轉入宿主細胞和鑒定篩選。
目的片段的獲取
獲得目的片段的方法有以下幾種方法：1、從基因文庫中直接獲取目的基因片段；2、運用PCR技術，以mRNA為模板逆轉錄而成cDNA序列，從而得到cDNA文庫獲取目的基因；3、使用限制性內切酶將供體DNA切成許多片段后導入到細胞中，經過篩選后得到含有目的基因的細胞；4、獲得基因序列信息，在體外進行人工合成。
酶切載體與目的片段的連接
選擇適宜的限制性核酸內切酶對載體目的片段序列進行剪切，通常情況下，會產生對稱性粘性末端、不對稱粘性末端和平末端三種情況。亞克隆實驗中優先采用的是不對稱粘性末端連接，可將外源DNA定向插入到載體中。
轉入宿主細胞
將連接了目的基因的載體轉入到細胞中通常有轉化/轉染以及轉導兩種方法。轉化/轉染是將重組質?；蚴删w轉入到經過處理的宿主細胞中；轉導的方法是利用攜帶外源DNA的病毒類侵染宿主細胞。通常情況下，相比于轉化的方法，轉導的效率更高一些。
鑒定篩選
克隆細胞的篩選通常選用直接篩選的方法。載體帶有可辨識的遺傳標記，能夠有效的將重組分子與原有細胞進行區分和分離。有些載體分子攜帶外源基因后，形成的菌落或噬菌斑的顏色有明顯變化，如藍色變為無色，明顯的顏色表型變化能夠讓重組分子得到明確的區分。除此之外，還有一些其他的藥物篩選方法等，都可以比較簡單的通過表型現象對克隆細胞進行有效的篩選。
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